360安全卫士-木马查杀-全盘查杀-勾选扫描自动关机导致系统无法启动

现状：
无法进入Windows10系统，一直在转圈。
无法进入安全模式，不管命令行还是带网络连接的安全模式，都无法进入。
尝试使用MediaCreationTool.exe，软件修复系统，无法修复。
最后发现windows目录下有两个文件夹被加了后缀为.exe，估计是这个原因引起的。我现在的生产环境，局域网有好多病毒，会把文件夹给弄成exe的后缀，然后原始文件夹被隐藏。我估计原因就是染病毒的U盘将病毒带到windows目录下，导致系统无法启动的。这个问题有啥办法防止么？
当时想到用360急救盘杀毒试试，结果发现无法识别制作完成的急救盘，最后用U启动重新安装系统了。

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